Na pozadí doznívajícího nadšení z Torontského požehnání a mocných proroctví o probuzení, prochází Apoštolská církev (AC) v letech 1997 až 2004 další zásadní proměnou. Od kongregačně synodního uspořádání se posouvá k episkopálnímu modelu vedení, inspirovanému nejprve římskokatolickou církví a posléze hnutím Nové apoštolská reformace (NAR) s jeho důrazem na současné apoštoly. 

Tato transformace dále stírá teologické rozdíly mezi letničním a charismatickým hnutím, přičemž se AC  stává hlavním organizátorem akcí jihoamerických učitelů a apoštolů, kteří stojí v čele této proměny. Současně se sbližuje s Křesťanskými společenstvími (KS), avšak zůstává brzdou dílčích ekumenických iniciativ, jako jsou církevní restituce, ratifikace konkordátu nebo podpora vstupu ČR do EU. Paradoxně se v této věci dovolává demokratických principů, jako je dělba moci, zatímco uvnitř církve posiluje autoritativní vedení. Hybnou silou charismatizačního trendu je vnitrocírkevní uskupení Církev bez hranic (CBH), které sice kritizuje autoritativní směřování AC, ale samo se ubírá podobnou cestou na základě modelu manažerského řízení církve.