Cenzura byla dále posílena, když přišel do Prahy v roce 1556 jezuitský řád. Od roku 1560 dostali jezuité právo cenzurovat i tituly, vydávané hebrejsky, i když pražská utrakvistická akademie proti tomu protestovala. V Říme byla založena inkvizice na pronásledování nekatolických publikací. Jezuitský řád chtěl vykonávat papežovy příkazy i na sever od Alp.  Roku 1562 jmenoval tridentský koncil komisi, která sestavila seznam zakázaných knih, který měl být používán ve všech katolických zemích. Bylo rozhodnuto, že před vydáním knihy musejí autoři v každé diecézi předložit dílo cenzuře ve dvou kopiích. Cenzurní úřad si jednu kopii ponechal, aby mohl po vydání knihy ověřit, že byly doporučované změny provedeny.

 Předsedou komise byl pražský arcibiskup Antonínn Brus, ale jako hlava katolické církve v nekatolické zemi netrval na realizaci příkazů komise v Čechách a nevydal seznam zakázaných knih pro Čechy, protože by to vyvolalo od utrakvistů ostré protesty. Brus však dohlízel na tiskárny a občas trestal tiskaře a knihkupce. V šedesátých letech šestnáctého století se poprvé pokusili pražští tiskaři a knihkupci o vytvoření uzavřeného cechu. Poslali žádost arcibiskupovi Brusovi, aby byl ustanoven výlučný knihařský a tiskařský cech a aby byly zakázány "nepořádné prodeje hostinských knih, ... když někdy jaké nové knihy české ... buď v Moravě neb z sektky pikhartské povstanou, ty do tohoto království slavného Českého na zádech v putnách neb v kruosnách [mnozí] přinesou ... a svobodně a směle je prodávají na ujmu velikou našich živností, ... my na svých chudých živnůskách velmi tižce hyneme." 13. března 1567 požádal arcibiskup císaře Maximiliána (1564-1576), aby vydal nařízení, zakazující prodej zahraničních knih v Čechách. 8. února 1571 nařídil Maximilian znovu tiskařům, aby nevydávali a netiskli knihy bez předchozího souhlasu pražského arcibiskupa. 

Toto nařízení bylo vydáno po incidentu, k němuž došlo 26. ledna 1571, když dva arcibiskupovi úředníci provedli razii v knihkupectví Tomáše Mitise na území Karlovy univerzity. Mitis měl na skladě některé zakázané knihy a arcibiskupovi úředníci se pokusili jeho knihovnu zapečetit. Na místo se dostavili rektor univerzity a několik učitelů a pokusili se tomu zabránit. Univerzita poslala císaři protest, v němž si stěžovala, že arcibiskupovi úředníci porušili svobody univerzity a nepřípustně pronikli na akademickou půdu.  

Další cenzurní nařízení byla vydána za vlády císaře Rudolfa II. (1576-1611), protože všechna předchozí cenzurní nařízení tiskaři většinou ignorovali. Když se roku 1580 v Praze pokusil šířil papežský legát bulu Coena domini, která obsahovala cenzurní zásady, cisař Rudolf to zakázal. České protestantské stavy trvaly na dodržování své náboženské svobody. Od doby Rudolfa II. byli katolíci a jezuitský řád v ofenzívě. Čím se jezuité stávali mocnější, tím silnější byly stížnosti na jejich cenzuru. Proto se chovali jezuité velmi opatrně. V roce 1599 zavedli složitou cenzurní proceduru ve snaze zajistit objektivitu hodnocení cenzurovaných knih.  Protestantská i katolická strana tiskly pomlouvačné kramářské balady a obrázky, útočící na jejich náboženské protivníky. V roce 1602 byl zatčen mladý pražský tiskař Sixt Palm Močidlanský za to, že vytiskl protikatolickou píseň. Byl vyslýchán, souzen, vězněn čtyři měsíce a pak donucen odejít do exilu. 

Císař znovu zakázal tiskařům vydávat pobuřující texty, které urážely jednu nebo druhou náboženskou stranu.  V roce 1604 chtěla Karlova univerzita inscenovat hru "Břetislav, český Achileus", kterou napsal Campanus Vodňanský, profesor na univerzitě. Den před představením byla hra zakázána za to že "pomlouvá český královský rod, církev a římského císaře". Utrakvistická strana reagovala na toto rozhodnutí s nelibostí. Poukázala na to, že pražská jezuitská kolej pravidelně hraje nejrůznější hry a nikdo jí to nezakazuje. Utrakvisté poslali císaři žádost, aby bylo jezuitům zakázáno vysmívat se utrakvistům a pomlouvat je. Roku 1605 se v Praze konala synoda katolického duchovenstva. V souladu s ustanoveními tridenského koncilu byl publikován seznam zakázaných knih a všichni tiskaři a knihkupci měli od této doby povinnost předkládat své náboženské tituly místním farářům před tím, než je uvedou do prodeje. Nenáboženské knihy i nadále cenzuroval úřad královského kancléřství.  

Utrakvisté požadovali oficiální právo cenzurovat si vlastní knihy. Tak bylo roku 1610 rozhodnuto, že katolické publikace bude cenzurovat arcibiskup a královské úřady, a utrakvistické knihy mají zkoumat protestantští "defensoři". To byli volení obránci zájmů nekatolických stavů. V zájmu veřejného pořádku nebylo dovoleno ani katolíkům, ani protestantům, aby tiskli kritické materiály o druhé náboženské víře. Královské úřady nyní trestaly osoby, které cenzurní nařízení nedodržovaly, dosti vážně. Roku 1615 byl vytištěn v tiskárně, kterou vlastnil šlechtic Henyk z Valdštejna traktát z pera jiného protestantského šlechtice Václava Magrleho ze Sobíšku. Traktát kritizoval císaře Matyáše a Rudolfa. Protestantští defensoři nemohli hájit ani autora, ani vydavatele ani tiskaře, protože se traktát zabýval světskou tematikou. Autor se musel zodpovídat úřadům, vydavatel byl pokutován, tiskař byl zatčen a popraven.  

Neklidné příměří mezi katolíky a protestanty skončilo ve dvacátých letech sedmnáctého století. 

V letech 1618-19 se pokusili čeští protestantští stavové o povstání, svrhli habsburského monarchu Ferdinanda ze Štýrska, Ferdinanda II. (1617 - 1619, 1620 - 1637) a prohlásili Čechy za svobodnou, volitelnou konfederaci. Habsburská vojska vstoupila do Čech a císař Ferdinand II. porazil vzbouřenecké protestantské stavy v bitvě na Bílé Hoře 8. listopadu 1620. České protestantské povstání byla začátkem třicetileté války. Čechy byly přímo podřízeny habsburské absolutistické moci. Česká šlechta přišla o všechny své výsady. Vůdci stavovského povstání byli popraveni. Ti představitelé protestantské šlechty, kteří odmítli konvertovat ke katolictví, museli odejít ze země. Český národ, který byl z devadesáti procent protestantský, byl podroben intenzivní rekatolizaci.  

V roce 1621 převzali jezuité veškerou cenzuru všech knih, vydávaných v Čechách i dovážených ze zahraničí. Také ovládli pražskou univerzitní tiskárnu, kterou využívali pro tisk vlastních knih. Značný počet tiskáren na venkově byl uzavřen. Mladí lidé byli odrazováni od psaní knih, protože "nové knihy neobsahují žádné nové informace, pouze znovu uspořádávají obsah starých knih". Od této doby jezuité plně kontrolovali veškeré vydavatelství knih. Bylo vydáno několik ustanovení na potlačování nekatolické literatury. Podle nařízení z 10. dubna 1628 měli všichni lidé v Čechách povinnost předložit knihy, které vlastní, pro prozkoumání místnímu faráři. 10. května 1628 bylo vydáno nařízení, že nekatolické knihy mají buď být spáleny anebo odevzdány do knihoven. Žádný člen jezuitského řádu nesměl číst zakázané knihy. Výjimečně obdržel malý počet jezuitských misionářů zvláštní povolení číst nekatolické knihy, aby bylo možno efektivněji bojovat proti "kacířství". Od roku 1648 museli členové jezuitského řádu předem žádat nadřízené o povolení napsat knihu. Úřady zhodnotily navrhované téma a rozhodovaly také o tom, zda má autor pro napsání knihy řádné předpoklady. Od roku 1670 začali jezuité zařazovat tiskárnu pražské univerzity mezi majetek jejich vlastní, katolické koleje Klementinum.  Od konce šestnáctého století vydávali pražští židé velký počet knih hebrejsky. Tyto knihy byly také podřízeny jezuitské cenzuře. V sedmnáctém století zkonfiskovali jezuité ze synagog, ze škol a ze soukromých příbytků několik tisíc židovských knih. Aby dokázali, že obsahují hebrejské tituly kacířské myšlenky, nechali jezuité jednu židovskou knihu přeložit do latiny. V roce 1706 vydali Berl Back a Israel Kettwiess edici židovských bohoslužebných textů. Edice, která vyšla nákladem 3600 výtisků, úmyslně ignorovala zásahy cenzury. To prozradil úřadům jeden nespokojený židovský učitel, tiskaři byli pokutováni a donuceni financovat stavbu dvou katolických sousoší na Karlově mostě v Praze.  Nepodložené zvěsti zabraňovaly vydávání knih. Tak publikaci významného díla Epitome rerum bohemicarum (Nástin české historie) od Bohuslava Balbína (1621 - 1688) už schválila jezuitská cenzura, ale roku 1669 kdosi informoval pražského purkrabího, že je prý Balbínovo dílo podvratné, tak byl jeho tisk zastaven a vyšlo až roku 1677.  

Docházelo k častým konfliktům mezi náboženskými a světskými úřady ohledně cenzurní jurisdikce. V roce 1707 rozhodl císař Josef I. (1705-1711), že cenzuru knih bude nadále provádět stát, nikoliv katolické duchovenstvo. V roce 1715 vyšlo vládní nařízení, zakazující vydávání a rozšiřování veškerých satirických knih, traktátů i obrázků. Oficiálně nepovolené tiskárny měly být uzavřeny. Tiskárny směly pracovat pouze v univerzitních městech a v městech, kde sídlily vyšší úřady.  Nicméně do Čech pašovali velké množství zakázaných knih v češtině i v němčině čeští protestantští emigranti, jako Václav Klejch (1678-1737) a Kristián Pešek (1676-1744). Byly to většinou náboženské publikace, tištěné v německých městech Žitava a Pirna. Obyvatelé Čech neměli povoleno vlastnit kacířské knihy. Když u nich byly takové knihy nalezeny, byly zkonfiskovány a nahrazeny katolickými tituly. Jezuita Antonín Koniáš (1691-1760) vydal bibliografický seznam kacířských titulů, Clavis haeresim claudens et aperiens (Klíč kacířství otvírající a zavírající, 1729, druhé vydání 1749). I soukromé knihovny byly prohledávány pomocí této publikace. Hrabě František Antonín Špork (1662 - 1738) byl v roce 1729 obviněn, že v  tiskárně na svém panství v Lysé nad Labem tiskne kacířské knihy. Šporka velmi zajímala neortodoxní náboženská literatura a učení nekatolických teologů. V roce 1725 si nechal Špork propašovat ze Slezska celou nekatolickou knihovnu, i když se dovoz takové literatury trestal smrtí. vydával četná teologická díla a financoval tisk doktorských prací z oboru teologie, filozofie, lékařství a fyziky. Šporkovu tiskárnu v Lysé nad Ladem uzavřeli jezuité v roce 1712, tak si nechával většinu svých titulů tisknout v zahraničí. Tyto knihy byly posléze pašovány do Čech různými důmyslnými způsoby. V roce 1721 bylo například provezeno tisíc výtisků knihy vydané v Drážďanech v hracím automatu v podobě dudáka. V roce 1729 byl Špork zatčen a odvezen do Prahy na výslechy. Jeho kni*****, obsahující 30 000 svazků, byla zkonfiskována a byly v ní hledány zakázané tituly. Záležitost se táhla po dobu sedmi let. Špork byl pokutován a nakonec musel uznat nadřízenost jezuitů, proti nimž vedl ze svého panství válku po celá desetiletí.  

Za vlády císařovny Marie Terezie (1740-1780) se rakouský stát pokusil vzít cenzuru knih plně do vlastních rukou. V roce 1741 bylo rozhodnuto, že by mělo být dovoleno i světským učitelům na univerzitě provádět cenzuru knih. Z praktického hlediska to nevedlo k žádným změnám, neboť instituce vysokého učení plně ovládali jezuité. V roce 1750 nařídila Marie Terezie, aby byly od nynějška katolické publikace předkládány státní cenzuře. Zároveň měly být i nadále podrobovány zkoumání od církevních úřadů. V roce 1749 byl zakázán podomní obchod s knihami. V roce 1750 bylo rozhodnuto, že obchodníci, dovážející podezřelé knihy ze zahraničí, mají být trestáni trestem smrti a konfiskací majetku. 

Ve všech zemích rakouského mocnářství byly vytvořeny státní cenzurní komise. Gerhard van Swieten, osobní lékař a knihovník Marie Terezie, požadoval, aby byly knihy cenzurovány špičkovými odborníky v každém relevantním vědeckém oboru. V této věci bojoval Swieten s jezuity po mnoho let. Postupně přišli jednotliví cenzoři o právo zakazovat knihy: zákaz musel být rozhodnutím celé cenzurní komise. Tak se často stávala ústřední cenzurní komise ve Vídni dějištěm ostrých diskusí o osudu jednotlivých děl. Během času převzala ústřední cenzurní komise ve Vídni absolutní pravomoci zakazovat knižní tituly: regionální komise měly jen právo konfiskovat knihy podle seznamu, který předtím schválila Vídeň.  V roce 1759 byla říšská cenzurní komise sloučena s dvorskou vědeckou komisí. Od té doby byly knihy hodnoceny na základě pevných zásad. Swietenovi se podařilo přesvědčit Marii Terezii, že jezuité manipulovali cenzuru k vlastnímu obohacování. Státní cenzuru tedy postupně převzali stoupenci filozofie osvícenství. Pod vlivem Josefa II. měla cenzurní komise zakázat publikace, které líčily zázraky bez konkrétních důkazů. V roce 1772 napomenula Marie Terezie pražský cenzurní úřad, který zakázal některé publikace, stavějící se kriticky k jezuitům. 

Později ztratilo duchovenstvo právo tisknout teologický a náboženský materiál bez předchozího slovení. Kněží byli nuceni předkládat veškeré tituly před vydáním cenzurní komisi.  Josef II. (vládl v letech 1765 - 90, do roku 1980 společně s matkou Marií Terezií) pečlivě sledoval činnost cenzurních komisí. V roce 1781 zrušil regionální cenzurní komise a jmenoval novou ústřední cenzurní komisi ve Vídni, jejíž členové zastávali názory blízké Josefu II. Zásdami Josefovy cenzury bylo: povolit vydávání vzdělávacích a vědeckých prací, jejichž argumentace byla založena na faktech. Protestantská literatura už neměla být zakázána. Vládce a držitele moci bylo možno kritizovat, pokud byla kritika věcná. Literatura založená na pověrách a publikace, které zesměšňovaly náboženství a stát bez věcného podkladu byly zakázány. Zároveň byly zakázány nespolehlivé publikace od šarlatánů a léčitelů.  Josef II. zrušil zásadu, podle níž některé zakázané knihy mohly být zpřístupňovány určitým vybraným složkám společnosti. Staré seznamy zakázané literatury byly znovu zkoumány a mnoho titulů bylo z nich uvolněno. Bylo zavedeno právo na odvolání: ti, jimž se nelíbilo rozhodnutí cenzurní komise, měli právo se odvolat k jinému cenzorovi anebo k samotnému císaři. Cenzura byla odebrána z rukou duchovenstva. Podomní obchod knihami byl znovu povolen. Dovážené knihy se už nemusely odesílat do Vídně, ale celní úřady je posílaly do kanceláře regionálního hejtmana. 

Ta je zkontrolovala podle aktuálního seznamu povolených publikací a odeslala je cenzurní komisi pouze v tom případě, nebyla-li kniha na oficiálním seznamu. Tiskaři měli právo začít tisknout knihy dříve, než dostali povolení knihu vydat.  

Tento liberální režim za vlády Josefa II. vedl k podstatnému vzrůstu počtu nových knih, psaných a vydávaných v Čechách. Celkový vzrůst v objemu publikovaných titulů vedl některé autory k tomu, že začali psát česky. Tak posloužily liberální reformy Josefa II. jako katalyzátor pro české národní obrození, jehož kořeny sahají do konce osmnáctého století. Více knih vyšlo v Čechách v letech 1780 - 1790 než za předchozích osmdesát let. Od roku 1782 byly v Praze vydávány české noviny.  

Některé liberální reformy, které zavedl Josef II., byly po jeho smrti v roce 1790 zrušeny. Nicméně české časopisy šířily duch josefinského liberalismu až do dvacátých let devatenáctého století, navzdory tomu, že na trůn nastoupil císař František I. (1792-1835), který proměnil Rakousko v reakční, absolutistický policejní stát. V roce 1795 vydal František I. nový zákon o cenzuře, který zrušil mnoho liberálních zvyklostí, jež zavedl Josef II. Zrušeno bylo josefinské právo na odvolán vůči cenzuře. Byl-li publikován rukopis v zahraničí, i když o tom autor nevěděl, autor byl pohnán k odpovědnosti. Knihkupci museli předkládat knihy, které byly na prodej, k oficiálním prověrkám. Od roku 1798 bylo zakázáno, aby byly literární časopisy a letáky vystavovány ve veřejných prostorách. 

To znamená, že mnoho knihoven a čítáren, otevřených v předchozích letech, ztratilo důvod existence a musely být uzavřeny. V roce 1801 byly znovu zkoumány dosud vydané tituly a více než 2000 vydaných knih bylo zakázáno. Císařský dekret z 18. května 1793 zakázal otevírání nových tiskáren na venkově. Dekret si stěžoval, že předchozí "neomezená svoboda" vedla ke vzniku příliš mnoha tiskáren. Proto si tiskaři nestačili vydělat na živobytí oficiálně povolenými publikacemi a riskovali vydávání zakázaných knih. Nařízení ze 14. dubna 1801 přikazovaly, aby byl počet tiskáren v Praze a v jiných velkých městech snížen a dekret z 18. března 1806 požadoval, aby byly nové tiskárny zakládány pouze ve velkých městech, kde jsou pod dohledem úřadů. Nová tiskárna směla být otevřena pouze tehdy, když měla nahradit jinou tiskárnu, která měla být uzavřena.  

14. září 1810 dostal rakouský cenzor téměř absolutní moc. Od toho okamžiku měl cenzor rozhodovat, které publikace jsou vědecké a které jsou určeny široké veřejnosti. Vědecké práce měl cenzor posuzovat mírně, tituly určené veřejnosti přísně. Knihy o státu a o vládě nebyly nutně zakazovány. Kritika v nich obsažená však musela být skromná, věcná a konstruktivní a nesměla být zaměřena vůči konkrétním osobám. Zcela zakázány byly publikace o rakouském císaři a jeho rodině. Nepovoleny také byly knihy šíříci nespokojenost a pověru, tituly obsahující materialistickou a deistickou filzofii a pomlouvačné texty. Cenzoři rozdělovali zkoumané knihy do čtyř kategorií: Na povolené knihy se směla tisknout reklama, tolerované knihy se směly rozšiřovat bez reklamy, některé zakázané tituly byly přístupné zvlášť vybranému seznamu čtenářů, známých císařovi, literatura zaměřená proti státu a proti náboženství byla zakázána.  V této době bylo nesmírně obtížné zřizovat nová knihkupectví. 

Tak když majitelka knihkupectví v Karlových Varech podala žádost, aby si směla otevřít druhé knihkupectví v blízkých Mariánských Lázních, regionální úřady tuto žádost odmítly. Vyjádřily názor, že Mariánské Lázně knihkupectví nepotřebují. Je to prý příliš malé město na to, aby dokázalo udržet knihkupectví při životě. Existuje podezření, že majitelka si chce otevřít v Mariánských Lázních veřejnou půjčovnu knih, není vyloučeno, že by v ní mohly být zakázané tituly a ve městě není nikdo, kdo by mohl činnost knihkupectví kontrolovat, protože šéf místního úřadu je hlupák.  První polovina devatenáctého století byla érou českého národního obrození. Nejprve bylo toto obrození v první řadě kulturní a literární. V dusivém absolutistickém režimu kancléřů Metternicha a Bacha nebylo možno se věnovat politické činnosti. Až do roku 1848 a pak znovu v letech 1851 - 1860 trpěla nově vzkřísená česká literatura velmi silně cenzurním útlakem. Všechny čelné osobnosti českého národního obrození si trpce stěžovaly v dopisech přátelům na cenzuru. Přísná cenzura šla ruku v ruce s policejním útlakem, který byl ve dvacátých letech devatenáctého století zaměřen především proti studentům a jejich asociacím.   

"Cenzura je horší než loterie," povzdechl si český básník František Ladislav Čelakovský (1799 - 1852), jehož první básně zakázal cenzor. Čelakovský byl vyloučen ze školy za to, že četl Husovu Postillu, sbírku Husových kázání. V roce 1820 byla zakázána sbírka raných básní od Čelakovského a jeho přátel. Později, když Čelakovský zamýšlel vydat sbírku lidových písní, s titulem Slovanské národní písně (1822 - 1827), cenzur požadoval, aby bylo z titulu vyškrtnuto slovo "Slovanské". Od roku 1834 redigoval Čelakovský Pražské noviny. V listopadu 1835 kritizoval v Pražských novinách postoj ruského cara vůči polským prosebníkům po potlačeném polském povstání. Byl proto propuštěn z redakce i z místa na univerzitě a sedm let žil bez příjmu v naprosté chudobě.  

Cenzuru vykonával úřad pražského guvernéra. Cenzoři se přidržovali předpisů z Vídně. František Němeček, Mozartův přítel a životopisec, a Jan Zimmermann, scriptor na pražské univerzitě, patřili ve dvacátých letech devatenáctého století v Praze mezi nejbigotnější cenzory.  Historik Pavel Josef Šafařík (1795-1861) kritizoval "zbytečné konflikty a cenzory, rodilé Čechy, kteří byli největší překážkou rozvoje literatury". Když v roce 1822 přeložil Šafařík Schillerovu tragédii Marie Stuartovna do češtiny, cenzura nepovolila její vydání. Nová verze překladu vyšla až roku1831. Šafařík zničil po potlačení revoluce roku 1848 většinu své korespondence s učenci a přáteli v Čechách i v zahraničí, protože se obával policejního útlaku. Učebnice literatury Slovesnost (1820) od Josefa Jungmanna (1773 - 1847) byla podstatně postižena cenzurními zásahy. Celá řada milostných sonetů od Jána Kollára (1793 - 1852) byla potlačena cenzurou. 

Kollárova politická a vlastenecká sbírka Slávy dcera (1824) musela být vydána v Budapešti. Nikdo se ji v době vydání neodvážil v Čechách recenzovat. Až roku 1831 otiskl Čelakovský kritické zhodnocení Slávy dcery. Známá Kollárova povstalecká politická báseň Vlastenec kolovala jen v rukopisných opisech a vyšla tiskem až v roce 1868.  

Od roku 1827 vydávali čeští aktivisté kulturně literární čtvrtletník - Časopis českého muzea. Časopis začal vycházet ve dvou jazykových mutacích, česky a německy, ale zatímco se českému časopisu vedlo dobře, německá mutace musela být zrušena pro nedostatek zájmu. Německý časopis nemohl najít v Německu odběratele, protože němečtí čtenáři považovali rakouskou cenzuru za absurdně omezenou a svazující.  Roku 1823 se pokusil Václav Hanka (1791 - 1861) vydat českou Dalimilovu kroniku ze začátku 14. století. Cenzura Hankovu žádost zamítla, že je prý kronika "prodchnuta ostře protiněmeckým duchem". V roce 1848 zorganizoval Hanka tisk Dalimilovy kroniky v Lipsku. Mezitím dočasně padla v Rakousku cenzura a výroba knihy byla dokončena v Praze.  Rakouské úřady se zejméa obávaly neokatolických, reformních názorů Bernarda Bolzana (1781 - 1848), který měl velký vliv na pražské univerzitní studenty, z nichž se později mnozí stali důležitými osobnosti českého národního obrození. Od roku 1805 byl Bolzano profesorem na pražské univerzitě, kde vyučoval teologii a později matematice a filozofii. V roce 1819 byl ze svého univerzitního místa propuštěn. Dvě filozofická díla od Bolzanova žáka, Vincence Zahradníka, Jednání o svrchovaném zákonu ctnosti (napsáno roku 1829) a Dušesloví byla potlačena cenzurou, která se v tomto období velmi snažila, aby se do tisku nedostaly žádné originální myšlenky. Máj (1836) od Karla Hynka Máchy (1810 - 1836), romantická byronská báseň, významné dílo české literatury z devatenáctého století, mohlo být vydáno tiskem teprve až po dlouhých diskusích mezi autorem a cenzorem. Máchův román Cikáni, který vznikl v roce 1835, cenzura potlačila. Výňatek z něho vyšel v časopise Lumír v roce 1851, ale celý román mohl spatřit světlo světa v tištěné formě až roku 1857.  Levicový filozof a básník František Matouš Klácel (1808 - 1882) měl vážné potíže při snaze vydat své Lyrické básně (1836) a Básně (1837). Paradoxně, Klácelova báseň Hlas z Blaníka, otevřené líčení ozbrojeného boje proti utlačitelům českého národa, vyjít tiskem směla. Přímost takových veršů jako "Češi, Češi! Hr na nepřítele! Zabme ho!" byla v tehdejší poezii nezvyklá - cenzor jim nerozuměl. Klácel byl propuštěn jako stoupenec Hegelovy filozofie, pantheista, volnomyšlenkář a nadšenec pro slovanskou kulturu z profesorského místa na pražské univerzitě v roce 1844.  

Hodnotový systém rakouského mocnářství za Metternicha lze výmluvně shrnout tímto citátem z projevu císaře Františka I., proneseného před shromážděním profesorů jednoho lycea v Ljubljaně v roce 1821:  "Přidržujte se starých hodnot: jsou dobré a naši předkové při nich dobře žili, proč ne my? Nyní převládají nové myšlenky. Nemohu je schválit a nikdy je neschválím. Držte se od nich, protože nepotřebuju učence, potřebuju dobré občany. Vaším úkolem je vychovávat mladé lidi za tímto cílem. Ti, kteří mi slouží, musí učit, co já nařídím. Ti, kteří to nemohou dělat anebo přicházejí s novými myšlenkami, ti mohou jít, anebo já je odstraním."  Navzdory velkému úsilí rakouských úřadů potlačit nezávislé myšlení, české kulturní a literárn úsilí začalo v druhé polovině čtyřicátých let devatenáctého století nabývat politického rozměru, zejména v díle Karla Havlíčka (1821 - 1856), prvního velkého českého novináře. Od roku 1846 byl Havlíček redaktorem pražského vládního listu Pražské noviny a poté, co na jaře 1848 padla cenzura, Havlíček založil svůj vlastní opoziční deník, Národní noviny. Tento vynikající list, na jehož stránkách Havlíček vysvětlil a bránil základní zásady liberálně demokratické politiky, vycházel od dubna 1848 do 19. ledna 1850, kdy ho rakouská vláda zlikvidovala. Havlíček se pak přestěhoval z Prahy do Kutné Hory a vydával tam, od 8. května 1850 do 14. srpna 1851, politický časopis Slovan, který vycházel dvakrát týdně. Roku 1851 se Havlíčkovi podařilo vydat dva svazky nejdůležitějších článků z Národních novin a ze Slovana, Duch Národních novin a Epištoly kutnohorské. Rakouská vláda postavila Havlíčka dvakrát před soud, v dubnu 1849 a v listopadu 1851, a obvinila ho, že podvrací stát, avšak Havlíček se u soudu brilantně hájil a porota ho v obou případech jednomyslně osvobodila. Ve dvě hodiny ráno v noci na 16. prosince 1851, Havlíček byl zatčen a deportován bez soudu do tyrolského města Brixenu. Bylo mu povoleno vrátit se teprve v roce 1855, ale tou dobou mu již zemřela manželka, většina jeho pražských přátel se obávala se s ním sekat a Havlíček sám onemocněl tuberkulózou. V brixenském exilu napsal Havlíček tři dlouhé satirické básně, zaměřené proti absolutismu, Král Lávra (1870), Tyrolské elegie (1870) a Křest svatého Vladimíra (1876, vydáno anonymně). Tyto básně a úryvky z nich kolovaly v rukopisech a směly být vydány tiskem až v sedmdesátých letech devatenáctého století.  

Dočasné zrušení cenzury v letech 1848 - 1849 vedlo k tomu, že náhle vzniklo více než 30 novin. V Čechách se objevila dvě odlišná politická hnutí, centrističtí liberální demokraté a levicoví radikálové. V období obnoveného absolutismu v letech 1850 - 1860 se stali především radikálové teerčem ostrého politického útlaku. Byli internováni, žalářováni a posíláni do exilu.  Radikálně demokratické noviny Pražský večerní list, který vydával Prokop Chocholoušek (1819 - 1864) od dubna 1849, zakázaly rakouské úřady 1. února 1851. Všechny ostatní nezávislé noviny byly také likvidovány. V letech 1852 - 1860 nevycházely v Čechách žádné nezávislé noviny. Radikální spisovatel Karel Sabina (1813 - 1877) vydal Básně (1841), ale většina jeho nejvýznamnější poezie nebyla ani předložena cenzuře, a tak nevyšla tiskem. Sabinův šestidílný román Husité odmítla cenzura pětkrát. Autor ho přepsal a začal ho v roce 1844 vydávat na pokračování pod jiným jménem, ale cenzura po několika svazcích vydávání zakázala. V roce 1848 působil Sabina jako novinář a podílel se na radikální politické činnosti. Od května 1849 byl krutě vyšetřován policií a byl posléze odsouzen k smrti. Trest smrti byl změněn na 18 let vězení. Sabina byl propuštěn z vězení v roce 1857.  Josef Kajetán Tyl (1808 - 1856) byl další postavou českého národního obrození, kterou rakouské úřady po roce 1848 zničily. 

Tyl byl novinář a dramatik a snažil se zvýšit politické uvědomění českých lidí tím, že psal a inscenoval srozumitelné, zábavné hry s implicitním politickým obsahem. Tylova historická dramata s politickým podtextem byla po roce 1848 zakázána. V období "normalizace" po roce 1848 byl Tyl policejně sledován, přišel o zaměstnání jako dramaturg v pražském Stavovském divadle (vláda přestala dotovat inscenace českých her), nedostal koncesi k provozování kočovného divadla, tak se pokusil kočovat s divadelním souborem za pomoci koncese, vydané někomu jinému, a zemřel v naprosté chudobě.  Poté, co bylo Rakousko v červnu 1859 poraženo u Magenta a u Solferina spojenými armádami Sardinie a Francie, Bachův absolutismus padl a byl zdiskreditován, když vyšlo najevo, že někteří jeho významní představitelé páchali rozsáhlou korupci. V říjnu 1860 vydala rakouská vláda "říjnový diplom", jímž přislíbila ústavu. Ústava byla vydána v únoru 1861, a jejím prostřednictvím vzniklo několik regionálních a jedno národní shromáždění. První volby, které se konaly v březnu 1861, silně volebně preferovaly venkovskou aristokracii a bohaté vrstvy. Většina českého národa v Čechách byla znevýhodněna. Všeobecné hlasovací právo bylo v Rakousku zavedeno až v roce 1907.  Ústava z roku 1867 zaručila v Rakousku základní občanská práva. S určitými omezeními, danými většinou nespravedlivým volebním zákonem, se Češi v letech 1867 - 1914 mohli těšit základním demokratickým svobodám. Absolutistický tiskový zákon z května 1851 byl v prosinci 1862 nahrazen liberálním zákonem, který byl pozměněn v roce 1868 a 1894 a po roce 1918 ho převzala Československá republika (s dalšími změnami v letech 1934 a 1935).  Ústava z roku 1867 určila, že odpovědnost za cenzuru mají mít provinční místodržící rakousko-uherského mocnářství. Články v tisku byly často konfiskovány, vydávání novin bylo dočasně suspendováno a novináři byli vězněni, často na krátká období za "pobuřování" a za trestné činy proti veřejnému pořádku.  Český spisovatel a novinář Jakub Arbes (1840 - 1914) shromáždil ve svém díle Pláč koruny české (1894) více než tisíc případů malicherného politického pronásledování, které páchaly rakouské úřady proti Čechům v letech 1868 - 1873, během pěti let silné české nacionalistické politické činnosti za autonomii v rámci Rakouska. Rakouské úřady se snažily minimalizovat nacionalistické napětí v mocnářství tím, že potlačovaly kritické hlasy. Vláda se také snažila potlačovat levicové spisovatele a novináře a kohokoliv, koho považovala za extrémistické. V sedmdesátých a v osmdesátých letech devatenáctého století se stal terčem pronásledování rakouských úřadů právě Jakub Arbes. Arbes pracoval jako novinář v redakci hlavního opozičního českého deníku Národní listy, ale jeho radikální názory začaly být nepřijatelné a byl propuštěn. Po krátkou dobu redigoval Arbes v roce 1880 a pak znovu roce 1883 satirický časopis Šotek, při obou příležitostech byl potlačen. Arbesovy Sebrané spisy, které vycházely v letech 1902 - 1916 sice obsahovaly čtyřicet svazků, ale edice nebyla dokončena: nakladatel odmítl vydat některé Arbesovy texty pro jejich politický obsah. 

V roce 1883 byla zkonfiskována báseň Lešetínský kovář od Svatopluka Čecha (1846 - 1908), protože poukazovala na některé krutější rysy agresivního kapitalismu a spojovala svou kritiku s českými národnostními protesty.  Nicméně, tiskový zákon z roku 1862 byl relativně liberální. Poskytoval právo každému redigovat a vydávat knihy a časopisy, v souladu s aktuálními zákony o podnikání, i když místa, kde se měly knihy a časopisy prodávat, musela být registrována na policii. V roce 1894 bylo ustanoveno, že držitelům živnostenského listu nesmí být odpíráno právo prodávat periodika, vydávaná na území Rakouska - Uherska. 

Živnostenský list mohl být odňat, pokud se prodávaná periodika svým obsahem dopustila trestného činu. Ti, kdo spáchali trestný čin anebo kdo byli ve vazbě, nesměli být šéfredaktory periodické publikace. I když se rakousko-uherské mocnářství postupně v posledních desetiletích své existence liberalizovalo, během první světové války v letech 1914 - 1918 se vrátilo k přísné absolutistické vládě a k tvrdé cenzuře.